Es ist der Ort, von dem der Heiligenberg seinen namentlichen Ursprung hat, denn der Berg hieß im Mittelalter noch »Allerheiligen-Berg«, »mons omnium sanctorum« und war allen Heiligen geweiht. Der Name Heiligenberg knüpft an die Weiheformel an, unter der das alte Michaelskloster auf der hinteren Kuppe des Berges gegründet wurde: »...zu Ehren des heiligen Erzengels Michael und aller Heiligen«.
Bauherr der ersten Kirche um das Jahr 870 war vermutlich Abt Thiotroch von Lorsch. Erst im Jahr 1023 wurde Sankt Michael in jener Lage errichtet wie es aus den Fundamentresten hervorgeht.
Abt Reginbald, der später Bischof von Speyer wurde, ließ das Kloster unter Verwendung karolingischer Bauteile neu bauen. Im Jahre 1070 wurde Abt Friedrich von Hirsau im Kloster beigesetzt (Grabplatte in der Krypta der Basilika). Somit wurde das Kloster zu einem Wallfahrtsort (nicht kanonisiert).
Noch im 11. Jahrhundert ging vom Michaelskloster die Gründung eines Tochterklosters an der vorderen Kuppe des Heiligenbergs aus. Es handelte sich hierbei um das Stephanskloster. Die drei letzten Mönche im Michaelskloster wurden im Jahr 1503 in ihren Betten vom einstürzenden Vierungsturm der Kirche erschlagen. Das Kloster wurde aufgelöst und fiel in Vergessenheit.
Im Jahr 1589 beschloss der Senat der Universität Heidelberg, die Klöster abzureißen und die Steine zu verkaufen. Aber nichts geschah, wie Merians Stich aus dem Jahr 1645 zeigt. Erst um das Jahr 1860 machte zum ersten Mal jemand auf die Reste mächtiger Steinwälle aufmerksam, die sich um die Kuppen des Berges zogen. Zunächst schrieb man sie römischer oder mittelalterlicher Zeit zu. Durch Grabungen stellte sich heraus, dass sie noch viel weiter zurück reichten.
