Mit der Einführung der Reformation in Württemberg 1534/35 kam es zur Auflösung der Klöster. Herzog Ulrich richtete im Rahmen der Neuordnung des Kirchen- und Schulwesens 1536 ein Stipendium – ein „Stift” – zur Ausbildung evangelischer Theologen ein. Zahlreiche ehemalige Klöster des Landes wurden in internatsähnliche evangelische Klosterschulen umgewandelt, in denen begabte Landeskinder nach dem Ablegen des „Landesexamens” eine Vorbereitung auf das Theologiestudium in Tübingen genossen. Spitze der Ausbildung war das Tübinger Stift, in dem die Klosterschulabsolventen ein weiteres neunsemestriges Stipendium mit Unterricht, Kost und Logis erhielten. Die großen Namen des Stifts: Johannes Kepler, Gustav Schwab, Eduard Mörike, Georg Herwegh, David Friedrich Strauß und das „Dreigestirn” Georg Wilhelm Friedrich Hegel, Friedrich Wilhelm Joseph Schelling und Friedrich Hölderlin. Kaum einer wurde als Theologe berühmt. War das Stipendium jahrhundertelang nur männlichen Studenten vorbehalten, sind seit 1969 im heutigen Studienhaus der württembergischen Evangelischen Landeskirche auch Frauen zugelassen. Sie stellen inzwischen die Mehrheit der 170 Studierenden.
Für Besucher zugänglich sind der Außen- und der Innenhof (ehem. Kreuzgang), das große Treppenhaus im Nordflügel bis zum ersten Stock und dort die Altane mit den Plaketten der berühmten Stiftsköpfe.
